从古代的分类学到中世纪末期对自然史的“清洗”
随着人们对世界的认识不断扩展和深入，为了和其他人进行交流，从人类发展的早期阶段就开始发现了对不同的生物进行分群归类的必要性，原始人类早就掌握了一些把周围的物体按照实用的目的分门别类的方法。这种分类的基础一般是依据物体所具有的特点，而这些特点必须是显著明确、容易理解而且是起重要作用的。对那时的人类来说，判明莴苣可吃而常青藤有毒不能吃是非常重要的。因此，可吃和不可吃就成了两个重要的范畴。这样的分类系统中的某些特征依据实际上已经相当复杂，甚至体现了某种形式的化学分类法。
古希腊的柏拉图（生于2429年前，在2347年前去世）和他的门徒亚里士多德（生于2384年前，在2322年前去世）是最早尝试按科学方法分类的学者。柏拉图认为，某一物种的“形态”就代表这一物种的“概念”，这一思想曾经很有影响。柏拉图从来没有提出过一个完整的分类系统，只是提出了如何进行分类的方法，在著作中提出了分类学术语中的“属”和“种”两个概念。但是他的“自然的等级”和“生物的巨大链条”两个概念为以后的博物学家提供了一个相当正确的框架。
亚里士多德则比较实际，他把形态放到该物种的本质中去进行考察。亚里士多德认为自己只不过是一个为后人收集材料的先行者。他主张要用动植物的多项特征来发现事物可以群分的自然界限，而不要象柏拉图那样只是进行简单的两分叉式的分类。
如果后来的学者们认真地按照亚里士多德的原则去做的话，分类学也许早就有了一个良好的开端。遗憾的是，后来的学者们对动物的描述虽然越来越普遍，但是却越来越不精确。在亚里士多德之后的早期自然历史研究中充满了各式各样陌生而奇妙的上帝创造物，这些东西的行为甚至比它们的外形更加稀奇古怪。动物学在那个阶段里要把事实从虚构中区别出来已经变得极为困难了。那个时期的动物学简直经历了一场极度的退化。
到了300多年前的17~18世纪，学者们发现有必要寻找一种系统的分类体系，并使这种研究成了当时的生命科学中的优势学科。造成这种状况有多方面的原因，但是起决定性作用的是材料数量的巨大积累。现在估计地球上的生物物种数量有大约200万种。亚里士多德只描述了500种动物。在1600年人们只知道大约6000种植物，而到了1700年，植物学家就已经又发现了12000种新的植物物种需要进行分类。动物学家当时也面临着类似的“新的信息浪潮”。另外一个重要的原因是，博物学家们发现，他们的“科学”在当时已经很不光彩地远远落后于物理学。物理学家们已经发现了一个由自然规律所结合起来的有秩序的世界，因此生物学家们也必须能够发现一个规律，从而对似乎是杂乱无章的大量动植物进行分类。
还有一个引起分类学热潮的重要原因，那就是需要对研究的自然历史进行一次“清洗”。对动物学家来说，清洗那些实际上并不存在的稀奇古怪的神奇物种的时候已经来到了，这些物种乱七八糟地充斥在当时那些自称是科学著作的书本中。例如，一本在当时日益普及的普林尼的《自然史》中就列举了许多稀奇古怪的生物，它们当中有前额的中央长着一只眼睛的“单眼人”，有同一个身体却具有雌雄两种性别的“安得罗格尼”，有不长嘴却靠香气维持生命的“奥斯图米”，有吐火女怪，还有长着狮子脑袋、山羊身体与蟒蛇尾巴的怪兽。一些后来的作家还在继续把这些神奇的怪兽列在再版的自然史当中，更有甚者，一些旅行家还希望能够亲眼看到这些怪物。
在欧洲的中世纪，动物的故事经常被用于道德说教，自然史中以讹传讹的情况非常普遍。生活在1098年至1179年间的圣希尔德加德修女在她的一本名为《病因与治疗》的医学书中，以《圣经》的《创世记》的思想为指导对动植物进行了分类。由于她认为鲸是鱼类中第一位的动物，因此她的这本著作中包含了那时候很普遍的错误认识。这样的分类倒退到了比亚里士多德的分类工作还要低的水平。
甚至，连16世纪最伟大的“百科全书派博物学家”格斯纳在他的5卷《动物史》中也描述了许多可疑动物的故事。格斯纳尽管有时也把比较类似的动物排在一起，但是总的来说他是按照动物名称的字母顺序来排列的。格斯纳认为，极乐鸟飞得那么高，它是不需要脚的，由于没有适宜于作巢的地方，雌鸟不得不把蛋下在雄鸟背上的一个洞里�！笆鞫臁笔歉袼鼓擅枋龅牧硪恢止帜瘢窍笏谎谑魃铣ご�。虽然格斯纳对自己著作中的一些动物也表示怀疑，但是他还是克制不住自己，把蛇怪写进了书里。他把这种蛇怪描述成一种蜥蜴状的怪物，由蛇从公鸡下的蛋中孵化出来。格斯纳还描述了每一种动物的习性、行为、捕捉方法以及作为食物或药物的用途。
格斯纳还计划写一部庞大的《植物史》，然而这个宏愿没有实现。1563年，一场流行性瘟疫袭击了苏黎士，这个城市的主要医生格斯纳本人也没有幸免，并在第二年瘟疫再度流行时离开了人世。其他的许多博物学家继承了格斯纳的遗志，描述了植物的各种特点并进行了分类。其中，大多数草药书都是按照植物名称的字母顺序或是按照它们与人类关系的相对重要程度来编排次序的。
但是，也有一些植物学家开始了一种新的尝试，他们按照各种植物总的类同之处或是按照特殊器官的特征来将这些植物进行分类排列。“清洗”开始了。
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